经过长期延迟和争议，众议院于2012年7月通过了教育部法案《高等教育法案》。该法案的通过代表了印尼高等教育体系正在发生根本性的改变，因此饱受学生、学者和政治家等人群的争议。该法案的目的在于使大学在学校管理、课程设置和资源利用方面拥有更大的权力和自主权，从而促进教育国际化并鼓励外国大学入驻印尼。它还旨在督促印尼的高等教育机构能够为现有及潜在学生的学术教育成果负起更大责任，增强自身在印尼教育市场的竞争力。然而，继宪法法院于2010年4月出台的具有颠覆性的《法律教育实体法》（BHP）（详见“教育业中的合作与投资机会”）之后，该法案再一次提出了教育商业化的问题。
除了需要提高各行各业及雇主对职业技术资格的普遍认识，《高等教育法案》还强调了获得文凭不是毕业生唯一的目的，更重要的是自身的资格和能力（详见“印尼的教育：概述”）。例如，法案第59条规定在印尼各个地区或城市引入社区大学。因此，该法案旨在让所有印尼人都能够接收到高等教育，同时，为了提高本国人力资源的质量，也提出了可供学生选择的教育标准。法案还授权某些公立大学寻求政府以外的其他资金来源，但仍然受到印尼法规的约束。人们担心，这一措施可能导致学费的急剧增加，从而使经济状况不佳的学生无法接受高等教育而使上述普及高等教育的努力功亏一篑。
该法案最重要的方面之一是为外国学生和大学打开了印尼的大门。在此之前，外国大学的入驻被认为是对国家教育主权的威胁，因此被高度限制。《高等教育法案》第50条规定，允许外国大学在印尼设立分支机构、印尼研究中心及独立研究中心。《高等教育法案》第90条规定，外国大学可在印尼办学，但前提必须是为原国家所认可、不以盈利为目的、与当地大学合作并优先雇佣印尼本土教职人员。
在印尼开设分支机构的外国大学也有义务维护宪法并提升当地公民和宗教价值观。法案还规定，虽然外国大学对自身的课程设置拥有控制权，但印尼政府对其可能开办和作为课程提供的学科拥有管辖权。教育部长穆罕默德•纳哈（Muhammed Nuh）已表示公开支持外国大学入驻印尼，但其要与本土机构精诚协作，从而能够走上马来西亚的成功之路，使该国的高等教育体系蓬勃发展。他补充说，外国大学将被许可开设印尼机构没有能力开设或需要大量投资的科目。希望外国大学的到来能够提高本国教育市场的标准，使大部分印尼本土最有才能的学生能够留在本国而缓解持续不断的人才外流（详见“解决印尼的人才外流问题”）。
该法案将面临来自宪法法院的挑战，这可能推迟希望在印尼开办学校的外国大学的计划。争论的焦点是由此产生的教育私有化以及普遍认同的教育商业化违反了宪法的基础价值观并挑起了公立和私立大学之间的冲突。该法案第74条要求，不论学业成绩是否优异，所有大学必须保证有20%的入学名额分配给经济困难学生。相对于私立学校，由于国家资助的办学机构的所有费用由国家承担，因此，此项规定将使公立学校面临这20%的配额非其莫属的可能。此外，人们还担心，由于外国大学有能力提供更高的薪资，因此会从本土机构将最好的讲师挖走，并且担心学生在择校时也会跟风而不选择国内大学。各教育机构也都提出了各自的忧虑：大学自主权的推行将意味着国家卸下对高等教育的责任。到目前为止，多个组织已宣布计划通过宪法法院向该法案发起挑战，而政府仍然在制定详细的实施条例，希望通过吸纳利益相关者的观点而解决此类不满。
Global Business Guide Indonesia - 2013
Number of Tertiary Education Institutions: 4,445 (2016)
Type: 91.5% Private, 8.5% Public
Students in Higher Education: 4,941,574 (2016)
Net Enrolment Rate in Tertiary Education: 22% (2014)
Relevant Law: Higher Education Law No. 12 of 2012 provides universities with the autonomy to set their own tuition fees and authorising the set up of foreign universities in partnership with Indonesian institutions.
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